1966年8月19日的夜里，大约十点半钟，二三十名戴着“新北大红卫兵”臂章，穿着没有领章帽徽的旧军服的青年男女冲进院来。其中一个女红卫兵野蛮地抽出腰上的皮带，高举在手，喝令章士钊到院子里去。家属在旁求情，说他年纪大了，晚上外面风大，能否有话就在屋里说。来人哪里容得，抓起章士钊就往院里拉。一群红卫兵挥着皮带不停地历数他的“罪状”，说他是鲁迅笔下的落水狗，说他是老混蛋，并命令他低头认罪。章不肯低头，只是默然不语。他们就上前按他的头，要他站好不许动，然后一窝蜂似地拥向客厅，到处翻箱倒柜，把大批珍贵古籍线装书扔在地上。甚至还钻进天花板里搜寻。

将近两个小时的批斗会结束后，年过八旬的章士钊被女儿扶着走进卧室，他精疲力竭，躺在床上，说：“我累了，要歇一会儿。”

大约过了半小时，他缓慢地从卧室出来到书房，端坐在写字台前，说“拿纸笔来。”女儿章含之不知他要干什么，让他休息，明天再写。他不动声色地说：“不，现在写，给毛主席写信。”

第二天早晨，信送出了，他在信中告诉主席，北大红卫兵如何来抄了家并斗争了他。信送出的第二天，总理办公室就来了电话，说主席已把章老的信转批给总理落实办了。9月1日，收到主席的亲笔复信：

行严先生：

来信收到，甚为系念。已请总理予以布置，勿念为盼！

顺祝健康。

毛泽东九月一日

毛泽东与章士钊 资料图

同一天，总理指示301医院接受章士钊以及程潜、傅作义、蔡廷锴、李宗仁等人住院保护。而且拟定了一批受保护的民主党派人士及干部名单。

三个月后，章士钊从301医院回家，因受到毛主席的保护，可以在家闭门读书写字，整理《柳文指要》的手稿，度过了一个清静的元旦和春节。

不料，社会上又掀起了一场反击“二月逆流”的浪潮并出现“打倒刘少奇”的大字报。见此情形，章士钊甚感不安，他说，“这个运动再搞下去，国家要完了。不能打倒刘少奇，这些家伙要把中国毁掉。”因此，1967年3月初，他又给毛主席写信，劝他与刘少奇团结，不要打倒他，国家需要安定，切不可乱。随后又给刘少奇写信，大意说他不信外面对刘少奇的诬陷不实之词，但大局为计，建议少奇同志作检讨。在文化大革命那个时候，很少有人像章士钊这样敢说老实话，而他一生都是这样率真，做任何事情都不会先考虑自己，也不会阿谀奉承。

1971年9月，在毛主席的关怀下，一百多万字的《柳文指要》由中华书局用文言文繁体字公开出版。其间毛主席亲自审阅，并提出过意见供著者参考。据说，康生为审查此书，曾在宾馆住了两个月。可见当时对此书出版之慎重。《柳文指要》出版后，章士钊非常高兴，积数十年之心血，不意在文化大革命中还能出版，真是天之大幸也。

《柳文指要》的出版，使章士钊倍感安慰，然而自从1970年奚夫人去世，年迈的章士钊开始感到越发的孤独，渐渐地萌生了去香港看望他的另一位夫人殷德贞女士的念头。可那时的香港，和大陆尚未通航，因为怕他身体吃不消，所以被章含之和周总理劝阻住了。

后来，毛主席听说了此事，认为应该圆了章老这个心愿，正好也可以在香港见一些台湾的老朋友。大陆与台湾恢复来往，章士钊无疑是促成此事的最佳人选。因此1973年5月，受毛主席之托，章士钊在92岁时乘专机远赴香港，与国民党秘密接触。当专机在香港启德机场落地时，在海内外引起了不小的轰动。

遗憾的是，由于气候不适，章士钊到港即病，卧床不起。7月1日病逝于香港，终年九十二岁，再也没能回到他安度晚年的四合院。